SimGlycan® 소프트웨어

SimGlycan® 소프트웨어

연구 목적으로만 사용할 수 있습니다. 진단 절차에는 사용할 수 없습니다.

SimGlycan Software (PREMIER Biosoft 제품)는 SCIEX 질량 분석기로 수집한 MS/MS 데이터에서 글리칸 및 당펩타이드 구조를 예측하여 당화(glycosylation) 및 PTM 동정을 가속화합니다. 소프트웨어는 *.t2d 및 *.wiff 파일로 직접 작업합니다. 모든 SCIEX 장비에서 생성된 데이터는 MIDASTM Workflow를 위한 새로운 지원이 포함된 SimGlycan 버전 5.4 (이상)를 사용하여 처리될 수 있습니다. 영구 라이선스가 포함되어 있습니다. 구매 후 1년 동안 무료로 데이터베이스 내용을 포함한 소프트웨어 기능을 업그레이드할 수 있습니다. 1년 후에 제품을 계속해서 업그레이드하려면 PREMIER Biosoft 웹사이트에서 연간 라이선스 수수료를 지불하여 1년마다 라이선스를 갱신해야 합니다. 이 소프트웨어는  PREMIER Biosoft 웹사이트 에서도 구매할 수 있습니다.

개요

핵심 특징:

  • 글리칸/당펩타이드 MS/MS 데이터 분석: 특허를 받은 배치 모드에서의 검색 알고리즘을 사용하는 PREMIER Biosoft 데이터베이스에서 이론적 조각화로 MS/MS 데이터를 일치시켜 글리칸/당펩타이드 구조를 동정합니다.
  • 효과적인 스코어링: SimGlycan은 초기 검색 술어로써 전구체 m/z와 머무름 시간*(옵션 파라미터)를 사용하여 후보 물질 구조 목록을 생성합니다. 해당 이론적 조각 이온과 일치하는 관찰된 피크를 기준으로 후보 물질이 스코어링됩니다. 스펙트럼에서 관찰된 피크로 설명되는 단당류 성분 비율과 조각화 패턴이 높은 후보 물질의 점수가 가장 높습니다. 관찰된 피크로 설명되지 않는 성분과 조각화 패턴이 높게 남아 있는 후보 물질에 대해서는 점수가 낮아집니다.
  • 고성능 데이터베이스: SimGlycan 데이터베이스는 글리칸 22,456종, 당단백질 22814종, 생물학적 소스가 밝혀진 글리칸 11,438종, 종이 밝혀진 글리칸 11,918종, 생화학 반응 263종, 생화학 경로 194종, 효소 관련 글리칸 250종 및 기타 데이터베이스 링크 9521개를 포함한 대규모 관계 데이터베이스입니다. 데이터베이스는 지속적으로 업데이트됩니다.
  • 글리칸 템플릿* 생성: 글리칸 구조, LC 머무름 시간, 컬럼 세부 사항, 글리칸 종, 생물학적 소스, 경로, 반응, 효소 및 기타 공개 데이터베이스로의 링크와 같은 관련 정보가 저장되어 있습니다. 해당 KEGG 화학 기능(KCF) 형식 파일을 불러와 데이터베이스에 글리칸을 추가할 수 있습니다. 여러 KCF 파일을 배치로 추가할 수 있습니다.
  • MIDAS 데이터베이스* 다운로드: MIDAS에서 이전에 정리한 글리칸이 포함되어 있는 글리칸 템플릿을 다운로드. 할 수 있습니다. 사용자 지정 데이터베이스로서 프로그램에 템플릿을 가져와 이 템플릿으로만 글리칸 및 당펩타이드를 검색하도록 제한하여 당단백질 분석 시 위양성을 제거할 수 있습니다.
  • 당펩타이드 MS/MS 데이터 분석을 위한 간편한 워크플로우: 추가된 펩타이드 일부의 서열 또는 질량을 지정하여 당펩타이드 구조를 분석할 수 있습니다. 고처리량 방식으로 하나의 펩타이드와 다중 펩타이드를 검색할 수 있는 옵션이 제공됩니다.
  • Analyst® Software 와 직접 호환: 모든 SCIEX 질량 분석기에서 생성된 실험 MS/MS 데이터를 가져올 수 있으므로 함께 제공된 소프트웨어 기능을 사용하여 Analyst TF 1.6 및 Analyst 1.6.2 Software에서 SimGlycan Software를 직접 실행할 수 있습니다.
  • 그리기 및 비교: SimGlycan을 통해 글리칸 및 당펩타이드 구조를 그리고 편집한 후 그린 구조의 이론적 데이터를 활용한 실험을 비교할 수 있습니다.
  • 유도체화된 글리칸: 비유도체화 유리된 글라칸 외에 극메틸화 또는 말단 변형을 줄이기 위해 사용되는 화학적 유도체로 처리된 글리칸을 분석할 수 있습니다. 변형 델타 질량을 지정하여 말단 변형이 감소된 사용자 지정 글리칸을 데이터베이스에서 검색할 수 있습니다.
  • LC-MS 데이터 처리: 피크 검출, 분자 특성 동정 및 자동 MS/MS 데이터 분석을 위해 LC-MS 및 MS/MS 데이터를 처리할 수 있습니다. 서로 다른 LC-MS 분석으로 동정된 글리칸/당펩타이드를 머무름 시간 기준으로 정렬시킬 수 있어 비교 분석이 가속화됩니다.
  • 글리칸 정량 분석*: SimGlycan은 사용자 지정 및 표준 동위원소 리포터 이온 강도 기준으로 글리칸 상대 정량 분석을 가속화합니다.

*SimGlycan Enterprise Edition에서만 사용 가능

SCIEX 장비만의 고유 기능 활용: 넓은 질량 범위, 고감도, 연성 이탈 및 이온화로 인해 MALDI-TOF (MALDI Time-Of-Flight) 질량 분석기는 유도체화된 올리고당과 다당류의 분자량 결정에 널리 사용되고 있습니다. 기존에는 PSD (Post Source Decay)가 구조 분석에 사용되어 염기 서열 및 분지 관련 정보를 제공했으나, 크로스링(Cross-ring) 분열이 부족하여 실험으로부터의 추론 가능한 연결 정보가 제한되었습니다.

MALDI TOF/TOF 시스템은 탄수화물 분석(A 및 X 이온)용 크로스링 조각화를 위한 고에너지 MS/MS와 우수한 전구체 이온 선택이 결합된 유일한 SCIEX 장비입니다. 연결 위치 및 분지 지점에 대한 추가 정보를 수집할 수 있으므로 보조 실험 없이 SimGlycanTM Software의 자동 검색 루틴을 통해 글리칸을 올바르게 동정 및 특성 분석할 수 있습니다.


QTRAP 시스템은 SCIEX만의 Hybrid Triple Quadrupole/Linear Ion Trap 장비로, Triple Quadrupole 스캔 기능(전구체 이온 스캔, MRM)과 고감도 이온 트랩 MS/MS 및 MS3 스캔이 결합되어 있습니다. 이를 통해 글리칸과 당펩타이드 프로파일에 대해 선택성이 높은 고감도 실험이 가능합니다. QTRAP 시스템만의 장비 구성으로 인해 MS/MS 스펙트럼은 3-D-이온 트랩에서 나타나는 컷오프 현상을 발생시키지 않습니다. 이후 MS3 조각화 스펙트럼을 얻을 수 있어 진단 조각화에 기계적 연구를 수행하여 SimGlycan Software 예측 검색 결과를 확인할 수 있습니다.

QTRAP® 6500 시스템의 질량 상한은 2000 m/z이므로 글리칸과 당펩타이드가 함유된 복잡한 혼종 및 높은 만노스 유형을 충분히 검출할 수 있습니다. Scheduled MRMTM Pro Algorithm의 확장 소프트웨어 기능을 통해 치료 항체의 당펩타이드 정량 프로파일이 가능합니다.

  • Group triggered MRM은 당펩타이드의 1차 전이가 임계값 상한 이상인 경우 2차 전이만 수집하여 머무름 및 사이클 타임을 향상시킵니다. 따라서 보다 많은 당펩타이드를 스크리닝할 수 있습니다.
  • 당펩타이드의 다중 1차 전이가 검출된 경우에만 Group triggered MIDASTM 워크플로우는 MS/MS를 실행합니다.

농축 전략이 없어도 당펩타이드 표적 검출 효율성이 향상됩니다.