다른 시스템에서 실패한 영역의 염기서열
염기서열 실패 원인을 찾는 것 이상의 강력한 기술을 선택하셨습니까?
염기서열 실패 원인을 조사할 수 있지만 원인을 알아도 아무 것도 할 수 없는 경우가 많습니다. 원인 조사는 많은 시간을 소비하며, 혼란과 좌절감을 줄 수 있습니다. 최고의 해결책은 강력한 기술을 사용하여 실험실 성과를 향상시키는 것입니다. 이를 통해 미래를 주도적으로 통제할 수 있습니다.
다른 시스템에서 실패한 영역의 염기서열
GenomeLab™ GeXP 유전자 분석 시스템의 특징에는 온라인 변성 기능과 결합된 SCIEX만의 DNA 염기서열 시약(선형 폴리아크릴아미드 겔(LPA), 코팅 처리된 모세관, dITP(deoxyinosine triphosphate) 케미스트리, dGTP(deoxyguanosine triphosphate) 케미스트리 및 시아닌 기반(근) 적외선 염료 포함)이 있습니다. 이러한 특징으로 인해 보정 필요성이 줄어들고 유의미한 원시 데이터가 제공되고 최종 분석 품질이 향상됩니다. GenomeLab™ GeXP 유전자 분석 시스템을 사용하면 다른 시스템에서 실패한 복잡한 염기서열을 규명하고 고품질 염기서열로 지식 격차를 채울 수 있습니다.
다음은 까다로운 인간 게놈 염기서열 영역 완료에 대한 GeXP 유전자 분석기 시리즈와 다른 자동 염기서열 시스템을 비교한 예입니다. 다른 시스템에서 규명할 수 없었던 염기서열 영역을 GeXP 시스템의 혁신적인 케미스트리를 사용하여 완성했습니다.
DTCS(dye terminator cycle sequencing)로 동정된 게놈 텐덤 반복
Dye Terminator Cycle Sequencing
GenomeLab GeXP는 시중에서 판매하는 모든 염기서열 플랫폼의 분석 성능을 향상시키는 완전 자동 유전자 분석 시스템입니다. 일반적으로 시스템은 30분 이내에 뉴클레오티드 200개를, 50분 이내에 뉴클레오티드 600개를 서열화하고 800개 이상의 고품질 염기를 98% 이상의 정확도로 판독합니다
이 때 GeXP는 DTCS(Dye Terminator Cycle Sequencing) 분석법을 활용합니다. 순환 염기서열 분석(Cycle sequencing)은 열 순환기에서 변성, 풀림 및 연장을 연속적으로 실행하여 연장 산물을 선형적으로 증폭시킵니다. 이 염기서열 분석 프로토콜은 강력하고 단일 온도 방식보다 템플릿을 적게 필요로 합니다.
염료 터미네이터를 표지 처리하면 디데옥시(Dideoxy) 터미네이터 4개는 각각 서로 다른 형광 염료로 태그 처리됩니다. 연장 중인 사슬이 종결되는 동시에 해당 염기에 맞는 염료로 표지 처리됩니다. 이 분석법에서는 표지 처리되지 않은 프라이머를 사용할 수 있으며 모든 반응이 동일한 튜브에서 실행됩니다. 4가지 색상은 동일한 모세관에서 평가되며 염료가 결합되지 않아 위양성 말단(false stop)이 검출되지 않습니다.
자동 염기 확정
GenomeLab 염기서열 분석 소프트웨어는 자동으로 염기를 확정하고 신뢰치를 확정에 할당하므로 염기서열 데이터 품질을 즉시 평가할 수 있습니다.
염기서열 분석에는 신호 프로세싱, 염기 확정 및 확정된 각 염기의 신뢰치 결정 등이 포함됩니다. 염료 간 스펙트럼 중첩이나 이동도 변이를 보정할 필요가 없습니다. 먼저 두 가지 적격 염기 확정자(Base-caller)로 유의한 피크를 동정한 후 직접 그래프 기술1로 확정 염기서열을 개선합니다. 마지막으로 확정된 염기의 오류 확률을 추정하고 품질 값을 할당합니다.
자동 이형 접합체 검출
게놈 DNA의 이형 접합체 염기 위치 동정은 이배체 세균 내 돌연변이 또는 다형성 위치 찾기에 널리 활용될 수 있습니다. DNA 염기서열을 통해 뉴클레오티드 위치 하나에서 염기가 한 개 이상 존재하는지 여부를 확실하게 확인할 수 있습니다
GenomeLab 소프트웨어를 사용하면 염기서열 분석 파라미터 편집기에서 이형 접합체 자동 검출을 전환할 수 있습니다.
이형 접합체는 표준 IUB 명명법을 통해 자동으로 검출되고 동정됩니다. GenomeLab 소프트웨어에서는 염기서열 데이터 내에서 다형성이나 돌연변이를 강조 표시하는 고속 메커니즘을 제공합니다.
다중 이형 접합체는 GenomeLab 제어 및 분석 소프트웨어를 통해 자동으로 동정됩니다.
자동 트리밍
참고 - 트리밍 기능은 사용자가 입력한 염기서열 정보와 일치(서열 기반 트리밍) 또는 품질 값(품질 기반 트리밍)을 기준으로 실행됩니다.
다중 분석 능력
- 8가지 시료의 각 열을 처리한 후 자동 염기 확정 및 보고서 생성
- 염기 확정 알고리즘을 편집할 수 있는 파라미터 세트
- 일부 DNA 단편 오디오 재생
- 품질 점수 기반 트리밍을 통해 염기서열마다 확정 점수와 품질 값을 생성하여 염기 확정 보증
- 타사 데이터를 분석할 수 있도록 성능 내보내기(.scf, FASTA, PHRED, SEQ, 탭 구분)
모든 연구자들이 자신의 목표를 달성할 수 있도록 지원하는 단 하나뿐인 이상적인 분석 기술입니다. SCIEX가 어떻게 지원하는지 알고 싶으면 지금 ., 시료 분석을 요청하십시오.
브로셔
포스터
기술 자료
- Accurate and Rapid DNA Barcoding Technique for Herbal and Botanical Products
- Automating Heterozygote Detection Using the Human p53 Gene
- Bacterial Artificial Chromosome End Sequencing Analysis
- Precise DNA Sizing on the CEQ Genetic Analysis System
- Improved Sequencing of Plasmids on the CEQ
- Method for Long Sequencing Read Lengths
- Sequencing of Difficult DNA Templates