SCIEXライブラリーで検索時、Precursor Mass Toleranceが0.01 Daに設定すると、ヒットしないのはなぜですか？

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問題の説明

SCIEXライブラリーで検索時、Precursor Mass Toleranceを0.01 Daに設定すると、ヒットしない場合があります。これは、SCIEXライブラリーの一部に、不正確なPrecursor のm/zで取得されたスペクトルが含まれているためです（例：Precursorのm/zを小数点以下1桁のみを入力し取得された MS/MS）。 Precursor Mass Toleranceの設定が小さすぎると、一部のスペクトルが正しく同定されないことがあります。

解決方法

大きなライブラリーを使って検索する場合、ライブラリー検索に関するPrecursor Mass Toleranceの設定値を下げることで、処理速度をわずかですが改善できます。これは、取得した検索対象のスペクトルとは異なるm/zのPrecursor由来のスペクトルを除外できるためです。

ライブラリー内のすべての関連スペクトルが、取得したスペクトルに対してスコアリングされるように、十分に広い許容範囲（Tolerance）で検索することが重要です。 SCIEXライブラリーで検索する場合、Precursor Mass Toleranceのデフォルト設定は0.4 Daのままにしてください。0.1 Da以下にしないでください。将来的にSCIEXライブラリーをPrecursorの精密質量に修正する予定です。