TripleTOF™ 装置のIntact proteinスクリプト

研究用にのみ使用できます。診断目的での使用はできません。

問題の説明

TripleTOF™ 5600と6600で使用するインタクトタンパク質分析スクリプト
インタクトタンパク質分析スクリプトは、MWが6kDa以上のタンパク質を5600装置で分析するときはいつでも使用できます。このスクリプトは、大小のタンパク質分析を改善するよう編集されており、すべての場合に使用することができます。
このスクリプトはプレベータ版であり、ABSCIEX担当者のみが使用するように作成されています。 これは顧客配布用ではありません。
スクリプトのインストール:

1. Analystを閉じます。
2. IntactProteinMode.dllファイルとIntact Protein Analysis Settings.txtファイルをAPI Instrumentプロジェクトの「Processing Scripts」ディレクトリにコピーします。
3. Analystを開きます。

スクリプトの使用:
[Analyst]の[Script]メニューにある[IntactProteinMode]スクリプトにアクセスします。インターフェイスが表示され、インタクト・プロテイン・モードが「オフ」であることが示されます。インタクト・プロテイン・モードを有効にするには、[IPM Activate]ボタンをクリックします。また、チェックボックスをオンにするだけで、TOFMSモードで自動的にCEM電圧が100V低下するオプションもあります（IPMの有効化をクリックする前にチェックする必要があります）。
これにより、一価イオンのバックグラウンドシグナルが減少します。多価イオンのシグナルにはほとんど影響しません。

IPM Activateボタンを押すと、次の警告が表示され、AnalystServiceを再起動して変更を有効にするように指示があります:

一度アクティブにすると、ユーザーインターフェースはインタクト・プロテイン・モード状態を「オン」に更新します。 そしてスクリプトを閉じることができるようになりました。
非アクティブ（Deactivation）:
インタクト・プロテイン・モードは、スクリプトを再オープンし、「IPM Disable」をクリックすることによって、非アクティブになります。 これに続いて、Analyst Serviceを再起動すると、元の設定を復元するためのメッセージが表示されますので、従ってください。

解決方法

スクリプトが動いていることをどのようにして知るのか？
5600装置でデフォルト設定を使用してタンパク質を分析すると、容易に認識できるアーティファクトが表示されます。同位体分離が可能なより小さいタンパク質は、同位体クラスターにおけるLow massピークの顕著な抑制を示します。ウマミオグロビン（5pmol注入）について、LCピークの頂点付近のシングルスキャンスペクトルを以下に示します:


インタクト・プロテイン・モードを有効にすると、同位体クラスターはこのアーティファクトを表示せず、ガウス形状になります。

より大きいタンパク質（MW> ~25kDa）の場合、デフォルト設定を使用すると、ピークのLow mass側とベースライン中のシグナルの一貫した脱落（ドロップアウト）が生じる可能性があります。ウシアポトランスフェリン（10 pmol注入）について、LCピークの最大値付近のシングルスキャンスクトルを以下に示します:

インタクト・プロテイン・モードは、一般的には、タンパク質ピークのシグナルトップノイズの大幅な改善、ならびにピーク分裂（peak splitting）やシグナルドロップアウト（signal dropouts）の削減に効果があります:



Time Bins to Sum:
同位体分離が可能な分解能が望まれるタンパク質（MW<20kDa）についてはTime Bins to Sum値「1」を選択することが推奨されます。 より大きなタンパク質については、「10」の値が推奨される。